Никто справок о том, где гражданин был прописан в тот или иной период, не выдает. Если она до 1999 года фактически проживала по тому адресу, где позже получила регистрацию, можно попробовать установить этот факт через суд. У Вашей сестры просят справку для того, чтобы удостовериться, что она с 1996 по 1999 годы не приватизировала жилье. Возможно, в суде придется устанавливать не место жительства, а сразу право на приватизацию недвижимости. Кроме суда, пусть Ваша сестра подаст в Росреестр запрос о принадлежащем ей имуществе. Данные сведения будут представлены в форме выписки, где будет содержаться основная информация о недвижимости, зарегистрированной на имя Вашей сестры.

Можно поступить проще: обратитесь с объяснительной в УЖП того города, где Ваша сестра проживала без прописки. В ней расскажите, почему Ваша сестра не имела прописки с 1996 по 1999 годы. Если объяснительную подпишут, отнесите ее в МФЦ вместе с другими документами. По идее, все должны принять без пререканий.