В статье 28 ГК указано, что вместо детей, не достигших 14 лет, сделки уполномочены заключать их родители. Следовательно, Ваш сын имеет право выписать своего сына из квартиры. Если внук просто прописан у Вас дома и не является одним из собственников квартиры, то это существенно упрощает задачу, так как, исходя из статьи 37 ГК, родитель вправе распоряжаться имуществом ребенка только по согласию органа опеки.

Таким образом, сам факт регистрации никакого значения не имеет. Можете смело продавать квартиру, проживание в ней ребенка не приведет к каким-либо юридическим последствиям.