Если сестра в квартире не проживает, но прописана там, то Вы имеете полное право подать судебный иск. Придется представить доказательство того, что она владеет другим жильем или проживает в нем по факту. Также нужно подтвердить, что она не живет с Вами и не оплачивает коммунальные услуги. Засвидетельствовать об этом могут, например, соседи. К сожалению, решить данную ситуацию можно лишь двумя способами: мирным соглашением или судебным решением. Поскольку сестра на уступки Вам не идет, смело обращайтесь в суд с заявлением. Поскольку сестра проживает в совершенно другом месте, а не по мету прописки, то проблем в суде у Вас не возникнет. А имея решение суда на руках, Вы без проблем снимете сестру с учета, обратившись с регистрационный орган по месту нахождения жилья.