Может ли руководство холдинга ввести собственное постановление о контроле проектной документации вопреки тому, что аналогичное Постановление Правительства уже существует?

Любое Постановление Правительства является нормативно-правовым актом федерального уровня. Его нельзя заменить или игнорировать. Большей юридической силой, чем Постановления Правительства, обладают только Указы Президента и Федеральные законы. Если нормы, принятые на Вашем предприятии, не соответствуют Постановлению № 87, то они считаются недействительными. При желании, Вы можете обжаловать решения руководства холдинга на основании правил, перечисленных в разделе 6 АПК. В иске свою правоту обоснуйте, сославшись на Конституцию Р. Ф., где в пункте 2 статьи 115 прямо указано, что Постановления Правительства обязательны к исполнению.