Исходя из статьи 127 ТК, Вам должны были компенсировать отпуск еще во время предыдущего увольнения. Претензии Вы должны предъявить к предыдущему работодателю, то есть к тому учреждению, которое существовало до организации. Но проблема в том, что срок исковой давности по таким трудовым спорам составляет всего 3 месяца и потому давно истек. В связи с этим суд откажет Вам в рассмотрении иска. Таким образом, шансов на получение компенсации у Вас практически нет.

Также Вы имеете право обратиться в Трудовую инспекцию с просьбой о проверке действий администрации учреждения во время реорганизации. За принуждение сотрудников к увольнению руководство может быть наказано по статье 5.27 КоАП. Напишите в инспекцию соответствующую жалобу и обязательно упомяните о том, что компенсационная выплата не получена. Ваш работодатель, опасаясь Трудовой инспекции, может пойти Вам навстречу в вопросе получения выплаты.