Согласно статье 4.5 КоАП, вынести постановление по делу об административном правонарушении требуется не позже, чем через 2 месяца после совершения правонарушения. С учетом этого, в Вашем случае срок исковой давности считается истекшим, и решения прокуратуры и трудовой комиссии верны.

Но исходя из статьи 392 ТК, Вы могли бы обратиться в суд с требованием о признании действий работодателя незаконными в рамках гражданского делопроизводства. Срок исковой давности в данном случае составляет 3 месяца с момента, когда Вы узнали о совершении правонарушения, и, скорее всего, тоже считается истекшим. Однако Вы имеете право написать иск с требованием восстановить срок исковой давности по гражданскому делопроизводству, так как работодатель не проинформировал Вас об отправке в отпуск, и Вы совершенно случайно узнали о правонарушении, вернувшись из командировки. Если суд восстановит срок исковой давности, то в судебном порядке в рамках гражданского делопроизводства Вы сумеете отстоять свои права.