Если квартира была приобретена в браке и оформлена на одного из супругов, то она считается собственностью супругов и будет разделяться между супругами поровну как совместно нажитое имущество.
При этом в суде при разделе имущества ваш сын может заявить о компенсации кредита со стороны жены, если у него остались все платежные документы.
В какой момент жена начала гулять — пока ипотека еще была или нет? Если да, то это также нужно будет засвидетельствовать в суде — т. е. совместную жизнь и быт уже не вели. Это может послужить одним из факторов в пользу сына при взыскании суммы за квартиру.
Деньги, полученные от родителей, необходимо оформить договором займа (задним числом) и в нем прописать все условия возврата, а также условия возврата в случае расторжения брака, подписывать договор гелевой ручкой. Обратите внимание на то, что в договоре не возможно прописать что в случае расторжения брака жена возмещает весь долг по займу, поскольку это противоречит институту совместно нажитого имущества, но можно предусмотреть, что в случае расторжения договора долг возвращается от каждого супруга в равных долях. Обязательно предусмотреть срок займа и срок возврата займа, а также можно предусмотреть график платежей. И если уж молодой человек уже некоторое время не проживает с женой, то можно первые платежи оформить также задним числом.

С кем предполагается оставить детей? Если жена настаивает, чтобы дети жили с ней, то оформлять на детей имущество нецелесообразно — она, как их законный представитель, будет продолжать жить в этой квартире вместе с детьми.

Чтобы оставить детей с сыном, необходимо приложить огромное количество усилий, в частности, доказать, что она ведет аморальный образ жизни, не имеет соответствующего дохода (если, конечно он у нее есть), и много иных факторов.
Так или иначе, суд будет очень сложным и вам надо заручиться поддержкой адвоката при разделе имущества.