Как указано в Приказе Минобразования № 2057 от 13.05.03, каждой справке-вызову присваивается уникальный регистрационный номер. Зная этот номер, работодатель всегда может уточнить, была выдана справка работнику или нет. Помимо этого, со справкой-вызовом Вам должны были предоставить справку-подтверждение, которую после окончания отпуска необходимо отнести работодателю. После получения справки-вызова работодатель обязан издать приказ о Вашем уходе в отпуск. Если Вас ознакомили с этим приказом, значит, работодатель получил справку из вуза. То, что компания потеряла документ, ничего для Вас не значит. Это их проблемы. Также обратите внимание, что отпускные Вы должны были получить до начала отпуска. Если этого не произошло, то пишите жалобу в Трудовую инспекцию.